（一）综合科
协助领导处理机关日常政务和事务工作；负责局机关的文秘、档案、文电处理、新闻宣传、政务信息、信访、机要、保密、查办督办以及重大会议的组织工作；承担机关后勤服务与接待工作；组织政策调研和有关综合性报告、文件的起草；指导本系统行政执法体系建设；开展有关法律法规的宣传教育；承办有关行政复议事宜；负责海洋与渔业局各项资金的落实并实施监督管理；负责局机关和直属事业单位的财务管理工作；负责全市海洋与渔业系统的财务统计、定点调查等工作；负责局直属单位的财务内审工作。按照干部管理权限，承办局机关和直属单位的干部考核、任免、调配工作；负责机关离退休人员的日常管理工作；负责机关和直属单位机构编制及劳动工资工作；承办公务员管理工作；负责专业技术职称评审和技术工人等级考核培训、出国出境人员政审、人事档案管理；负责局机关和局属单位的党群、综合治理工作。
（二）渔业科
组织指导全市渔业产业结构调整和产业化经营工作；制订全市渔业经济发展规划；指导海淡水养殖出口创汇基地建设；组织海洋捕捞新渔场、新资源开发利用的调查研究，海淡水养殖新技术、新品种的生产性试验示范；负责审核海域、市（县）管水面、滩涂的养殖使用证；推进水产品交易市场的规范化、现代化建设；负责渔业行业标准化管理和质量监管工作；负责全市渔业年度生产、水产品加工、流通等统计工作；负责全市渔业的外经外事工作，开展对外经济技术交流活动，指导、协调远洋渔业的开发。
（三）科技教育科
制订全市海洋与渔业的科技发展规划并组织实施；负责全市海洋与渔业科技成果鉴定以及重大科技项目的研究；指导本系统的人才培养教育工作；指导全市海洋与渔业技术推广、病害防治服务体系建设。
（四）海域管理科
研究草拟海洋功能区划、海域利用总体规划；组织实施海域使用制度和海域有偿使用制度；承担海洋开发综合管理和协调的有关工作；组织监视海洋设施建造、海底工程和其他开发活动。监管海底电缆管道的铺设和海上人工构造物的设置。
另按有关规定设纪委（监察室）。