一、海域使用证办理程序
（一）申请
海域使用申请人向市海洋与渔业局提交申报资料
（二）受理和初审
受理机关在收到海域使用申请后，应当对项目用海进行初审，必须符合系列条件：
（1）符合海洋功能区划和海域开发规划；
（2）申请海域没有设置海域使用权；
（3）申请海域的界址、面积清楚。
项目用海应当进行海籍调查，并按《海籍调查规程》进行海籍登记，填写海籍调查表。
凡符合初审条件的项目用海，在收到海域使用申请之日起十五个工作日内，签署初审意见，并填写“海域使用审批呈报表”。
（三）审查
审查机关在收到呈报材料之日起十五个工作日（不含海域使用论证工作时间）提出审查意见，对建议批准的项目用海及时报同级人民政府审核，并在适当的媒体上进行公示，公示不少于十个工作日。审核的内容为：
（1）项目用海是否符合海洋功能区划和海域使用规划；
（2）该海域是否计划设置更重要的海域使用权。
（四）海域使用权的审核
项目用海由县级以上人民政府按照法律法规规定的权限审批。审核机关呈报同级人民政府审批项目用海时，应当报送以下材料：
（1）“海域使用审批呈报表”；
（2）海域使用论证材料及其评审结论；
（3）其他有关的材料。
项目用海经政府批准后，由审核机关向海域使用申请人送达“海域使用批准通知书”。
（五）缴纳海域使用金
由海域使用申请人持“海域使用权通知书”到指定银行的财政专户缴纳海域使用金，并按要求办理各项手续。
（六）海域使用权登记、发证
1、海域使用申请人凭“海域使用权批准通知书”和海域使用金缴讫凭证，到批准项目用海的海域管理部门办理使用权登记手续。
2、由海域使用权登记机关向海域使用申请人颁发“海域使用权证书”。
二、申报资料
海域使用申请人向市海洋与渔业局提交如下材料：
（1）海域使用申请书；
（2）申请海域的坐标图（包括位置图、平面图）；
（3）海域使用可行性论证报告书（表）；
（4）需立项的项目，提交主管部门批准立项文件；
（5）需进行环境评价的项目，提交环境评价报告书（表）及批准文件；
（6）用海协议（合同）、海域出让（出租）合同、企业营业执照、个人身份证等用海主体相关的资信证明材料；
（7）法律、法规规定的其他书面材料。
三、行政许可依据
《中华人民共和国海域使用管理法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》、《江苏省海域使用管理条例》
四、规定时限
海域使用权证初试登记 40个工作日内（不含海论证和海籍调查时间）
海域使用权证变更、换证、注销 10个工作日（不含海籍调查时间）
年审 1个工作日
五、承诺时限
海域使用权证初试登记 30个工作日内（不含海论证和海籍调查时间）
海域使用权证变更、换证、注销 7个工作日（不含海籍调查时间）
年审 1个工作日
六、收费标准及收费依据
收费标准：
1．海水筏式养殖用海（如紫菜养殖等）：省定标准为10—20元/亩.年，参照省管海域海水筏式养殖用海征收标准，南通市的征收标准为11元/亩.年。
2、海水增殖护养用海（如贝类养殖）：省定标准为5—20元/亩.年，参照省管海域海水筏式养殖用海征收标准，南通市的征收标准为7元/亩.年。
收费依据：通财综[2007]41号 通海渔发[2007]184号 南通市财政局 南通市海洋与渔业局关于加强养殖用海海域使用金征收管理工作的通知